Почему у нас говорят «расставить все точки над i», если точка не над нашей «и»?

Так говорят потому, что выражение пришло из европейских языков, где есть буква i с точкой: по-французски, например, есть оборот вроде «поставить точки над i». В русский язык фраза вошла уже как готовая идиома, поэтому буква осталась латинская, а не наша «и». Смысл тут не про алфавит буквально, а про аккуратное доведение дела до конца: всё уточнить, прояснить, убрать недомолвки. Ну в общем, это такой языковой сувенир из чужой письменности, который прижился и уже никого особо не смущает.