Почему поисковые системы не любят сайты на JS?

Обычно связано с рендером страниц для ПС. Когда подгружается страница за счет js, робот этого не замечает, соответственно и затрудняется в индексировании страницы. В сео вообще не годится js. Ведь не зря 99% сайтов создается на php. JS подойдет только для приложений или веб-приложений не более, кто бы вам не говорил. 

Совет: создавайте сайт исключительно на PHP, и не затягивайте себя в проблемы бесконечные.