Как будет правильно: Летает или Летит?

И летает, и летит правильно. Смотря в каком смысле слово употребляется. Взять хотя бы (ну, первое пришедшее слово мне в голову) – вертолет. Он и лететь может, и летать. Если он кружит над вами, то про него можно сказать «летает», а если он просто пролетает над вами и летит себе дальше, то он летит. Или бабочка, стрекозка, птичка и т. д. 

И так и так правильно. Например; Самолёт летает на большой высоте. То есть вообще как бы о всех полетах самолёта. Или - самолёт летит на большой высоте. Это именно о том полёте, который происходит сейчас.