Чем лучше покрыть крышу гаража и дешевле?

Если дешевле то это просто рубероид 30-50 рублей за кв/м, а на нее Шифр

Шифер будет идеалом между ценой и качеством, 100-200рублей, 200 это максимум за кв/м. (тут можно без рубероида обойтись) но зато вместе о протекающую воду можно забыть.

А вот Ондулин и Металлочерепица  буде огого 450+ рублей аж до 700 рублей за кв/м

В вашем случае крыша, скорее всего бетон, рубероид вполне хватит.