Так почему же есть разница между показаниями спидометра и навигатора?

Ваш спидометр явно последний раз проходил поверку только на заводе перед выпуском авто с конвейера, да и гражданские навигаторы, особенно установленные приложения на обычный мобильный телефон, особой точности не несут. Так что из-за большой погрешности и возникает разница в показаниях.